En el tema justicia, PASOC considera que el Acuerdo sobre Fortalecimiento del Poder Civil y Función del Ejercito en una Sociedad Democrática y las recomendaciones de la Comisión de Fortalecimiento de la Justicia aún representan grandes retos para la sociedad guatemalteca. Más que promover nuevas legislaciones y reformas al sistema de justicia, PASOC favorece iniciativas creativas para aplicar medidas que favorecen efectivamente el acceso a la justicia.  El estado de derecho en Guatemala es aún muy débil, y particularmente es preocupante la falta de acceso a la justicia por parte de la población más vulnerable, las mujeres y las poblaciones indígenas. El Acuerdo sobre Identidad y Derechos de las Poblaciones Indígenas y el Convenio 169 de la Organización Internacional de Trabajo promueven el derecho consuetudinario, y varias organizaciones Mayas en Guatemala han tomado iniciativas para sistematizar la aplicación de derecho maya y fomentar el pluralismo jurídico. Esto significa a un lado mejorar el acceso a la justicia formal y al otro lado valorar los métodos propios de resolver conflictos.

PASOC ha puesto énfasis en el tema derecho Maya que tiene elementos muy importantes de recuperación de autoridades Mayas que durante el conflicto armado en gran medida fue eliminado y reaplazado con autoridades militares. Dado la gran ausencia de autoridades jurídicas en las comunidades indígenas, la saturación de casos en los tribunales y crisis en el sistema penitenciario, la resolución alternativa de conflictos por medio de derecho maya constituye un apoyo complementario a la justicia estatal. La rehabilitación de estas formas de resolver conflictos es atractiva para la población indígena con pocos recursos, dado que se aplica rápida sin mucho atraso, es participativo, gratuito y oral en el idioma de la comunidad. Generalmente, se trata de casos que no necesitan ser presentados a tribunales, y en casos de condenas, el culpable tendrá que reparar los daños causados a su víctima o a la comunidad.

Durante la fase anterior y como parte de PASOC mismo, expresiones para sistematizar y aplicar derecho Maya ha sido estimulado en varias comunidades lingüísticas y muestra un interés por parte de la juventud Maya de recuperar y documentar los conocimientos de las autoridades tradicionales. Aparte de las publicaciones de cada organización y las actividades concretas de resolver conflictos, la sistematización de estos avances se hace en coordinación con la sub-comisión Acceso a la Justicia de la Comisión Nacional de Apoyo y Seguimiento al Fortalecimiento de la Justicia. Acceso a la justicia formal se logra por medio de orientación y asesoría y por medio de intérpretes legales y documentos de apoyo en idiomas Mayas.

Durante PROFED-OSC el programa apoyó un proyecto de formación de oficiales del Ministerio Público sobre el contenido y aplicación de la Ley sobre Violencia Intra-Familiar. En eso manera fue mejorada el acceso a la justicia para la mujer. Sigue vigente el apoyo a la Fundación Myrna Mack que no solamente mantiene la lucha contra la impunidad en Guatemala, pero que también ha sido instrumental como interlocutor con el Relator Especial de las Naciones Unidas sobre la Independencia de Jueces y Magistrados. También el programa ha fomentado cursos diplomados para operadores de justicia en derecho indígena. Otra dimensión importante es el área de derechos indígenas a uso y goce de recursos naturales que ha logrado importantes resultados en alianza con el Ministerio de Medio Ambiente y Recursos Naturales y el Consejo Nacional de Áreas Protegidas